Hafnarstjórn er skipuð fimm fulltrúum og jafnmörgum til vara.
Hafnarstjórn fer með eftirtalin verkefni:
Hafnarstjórn hefur umsjón með fjármálum og rekstri hafnanna. Nýbyggingum og viðhaldi hafnanna skal sinnt í samvinnu við eigna-, skipulags- og umhverfissvið. Leita skal staðfestingar bæjarstjórnar á fjárhagsáætlun hafnarsjóðs svo og lántökum hafnarsjóðs sem ná til lengri tíma en yfirstandandi fjárhagsárs.
Hafnarstjórn hefur ákvörðunarvald um rekstur hafnanna svo sem ráðstöfun á aðstöðu. Ákvarðanir um leigu á húsnæði í eigu hafnanna og landi þeirra skulu teknar í samráði við eigna-, skipulags- og umhverfissvið.
Hafnarstjórn veitir leyfi til starfsemi á hafnarsvæðum og hefur vald til að banna eða takmarka afnot hafnarsvæða fyrir starfsemi sem hún telur torvelda eðlilegri hafnarstarfsemi.
Hafnarstjórn gerir tillögur til bæjarstjórnar varðandi skipulagsmál á hafnarsvæðinu, enda hafi tillögurnar fengið umfjöllun eigna-, skipulags- og umhverfisnefndar. Byggingamál á hafnarsvæðum skulu hljóta umfjöllun hafnarstjórnar áður en þau eru lögð fyrir bæjarstjórn.